Depuis 2013, le CRB-Cancer est certifié selon la norme NF S96-900 : 2011 pour le dépôt de collections, réception, préparation, conservation et mise à disposition de ressources biologiques d'origine humaine.

En 2022, le CRB-Cancer a également été certifié selon la norme ISO 20387 : 2018.

Un Système de Management de Qualité (SMQ) a été mis en place afin de répondre aux besoins et attentes des patients, des chercheurs, référents des collections et partenaires du CRB-Cancer. A ce titre, le CRB-Cancer s'assure de la bonne gestion des ressources biologiques et veille à  l'amélioration continue des processus opérationnels.
Des audits de certifications (renouvellement et surveillance) ont lieu tous les ans et sont réalisés par des organismes extérieurs.