Après une courte anesthésie locale du fond de la gorge, le médecin procède à la mise en place de la sonde (tube souple et flexible) dans l'œsophage via une narine. La sonde insérée est munie d'un capteur d'acidité qui transmet ses données à un boîtier électronique porté au niveau de la taille. Le passage de la sonde n'est pas douloureux, mais inconfortable. Le fait d'avaler de l'eau avec une paille en même temps permet de faciliter l'insertion.
Une fois la sonde posée, le patient peut reprendre ses activités habituelles, y compris l'alimentation. Il doit juste indiquer sur le pH-mètre les diverses informations de sa journée (début et fin des repas, heure du coucher, etc.).
Il ne faut pas mouiller le boîtier (donc pas de douche ou de bain) ni exercer de pression dessus.