L’hôpital du Tondu bien que terminé restera fermé de 1893 à 1903. Un médecin pourra d’ailleurs écrire plus tard que ce fut "un magnifique exemple d’incohérence administrative, de gaspillage, de décisions irréfléchies… (du fait) des changements de propriétaire, de structure et de destination."

En réalité après cette longue période d’incertitude, l’hôpital du Tondu devait devenir pendant la première moitié du XXème siècle, un des pôles d’excellence de l’équipement hospitalier bordelais grâce notamment à ses services d’urologie, d’otorhinologie et de dermatologie. C’est également dans cet établissement que devait naître, plus tard, l’école de cardiologie bordelaise.

Mais il en fut de l’hôpital du Tondu comme des autres hôpitaux, à savoir que dans les années 1970, il n’était plus en harmonie avec les normes hospitalières du moment. Epargné toutefois lors des opérations de destruction des bâtiments de l’hôpital Pellegrin, il abrite aujourd’hui les services de chirurgie plastique et reconstructive, d’urologie et de rhumatologie.

Quant à l’hôpital Saint-Jean, il fut rasé en 1927 pour laisser place à l’hôpital-maternité André Boursier, lui-même remplacé en 1957 par l’Institut d’odonto-stomatologie.